Соответствие складов Битрикс и МойСклад

В разделе соответствия складов вам необходимо проставить склады, которые необходимо выгружать на сайт. Слева склады БУС, в выпадающем списке склады МС.

Ограничений на привязку складов нет. Вы можете связывать их как угодно не соблюдая уникальность связки.